"文化大革命"十年，黃岡中學遭受了空前的浩劫，停止招生達三年之久。
1966年6月，黃岡地委"文化革命工作組"進駐黃岡中學，成立"文化革命委員會"，接管學校一切工作，原黨政組織癱瘓，學校停課。工作組、校文革根據(jù)全國形勢領(lǐng)導學校運動，組織"紅衛(wèi)兵"，選派代表赴京參加毛主席接見等等。不久，工作團執(zhí)行"資產(chǎn)階級反動路線"撤出學校，"文革"被稱為"偽文革"，校內(nèi)成立了幾十個群眾組織，如教職工的"韶山兵團""東風兵團""古田兵團"等等，學生中則有"揚子江風暴兵團"、"提著腦袋干革命戰(zhàn)斗隊"等等。學生紛紛外出大串連。"一月風暴"后，一派組織搶公章"奪權(quán)"，但并不能統(tǒng)轄所有群眾組織，學校處于無政府狀態(tài)。各派各行其是，互相攻擊，但攻擊矛頭相同的一點就是整"黨內(nèi)走資本主義道路的當權(quán)派"，因此，支部書記首當其沖。有專長的行政領(lǐng)導和教師就是"黑幫分子"、"反動學術(shù)權(quán)威"、"牛鬼蛇神"，或揪斗游街，或打入牛棚，或下園種菜。"紅衛(wèi)兵"還借"破四舊"之風，抄家劫舍，很多教師多年積累的圖書資料被當成"毒草"燒毀、變賣、令人痛心疾首。他們還走向社會，搗毀古物，焚燒古籍，造成慘重損失。
1967年，"7?20"事件后，"百萬雄師"一派無形解散，"造反派"控制學校。1967年10月，以造反派學生為主體的黃岡中學革命委員會成立。在革委會領(lǐng)導的斗批改中，采取過火斗爭，無情打擊，"武斗"成風。學校原領(lǐng)導和教師不少人挨了打?；瘜W權(quán)威、享譽當年的全省紅旗教師王驥同志，不堪忍受掛牌游街之凌辱，1968年5月24日被迫害致死。
到1968年，由于社會上的造反派分裂對立，黃州發(fā)生大規(guī)模武斗，每次都有本校學生參加。武斗逐步升級，由棍棒長矛發(fā)展到真槍實彈。到8月份，幾個月中發(fā)生了近十次大型武斗，打死十多人，受傷者更多。死者多為工人、菜農(nóng)。造反派學生還在宿舍里設(shè)置刑堂，毒打?qū)α⑴傻?quot;俘虜"，群眾稱之為"白公館"。
武頭號給學校造成了很大的財產(chǎn)損失。一次武斗，保管室全部實物被洗劫一空;物理實驗室的電器元件，幾乎被搶光;四萬多冊圖書所剩無幾;門窗破碎，滿目瘡痍，校無寧日。
1968年10月，黃岡地區(qū)第一支"工人毛澤東思想宣傳隊"進駐黃岡中學，收繳武器，解散武斗組織，制止武斗，并把各組織頭頭集中辦學習班，結(jié)束了武斗混亂局面，穩(wěn)定了當時的局勢。
接著改組原來以學生為主體的"革委會"，成立新的三結(jié)合的革命委員會，工宣隊長兼革委會主任，方道南、周維新、程展云等任副主任。接著復課鬧革命，主要是把流散在社會上的學生召回學校，作出適當?shù)漠厴I(yè)安排。12月25日，歡送66、67、68三屆畢業(yè)生上山下鄉(xiāng)。
工宣隊對知識分子掃行極"左"政策，把領(lǐng)導和教師一批批下放到路口和農(nóng)場勞動改造。清理階級隊伍時，捕風捉影，無限上綱，形成一種高壓氣氛，致使原外語教研組長李清教師于1970年3月被迫害致死，語文教師劉白燕被錯捕判刑，粉碎四人幫后才得到平反昭雪。
1970年3月，方道南任革委會主任。
1971年6月，開始整黨建黨。8月，方道南任黨支部書記。1972年，方道南調(diào)任地區(qū)教育局長，1973年韓益增調(diào)任黨支部書記。
整黨建黨后，學校工作由黨支部主持，工宣隊退居次要地位。人數(shù)逐漸減少，直到粉碎四人幫后，1977年12月24日，才完全撤離學校。
1969年春，按就近入學的原則招收黃州鎮(zhèn)及附近農(nóng)村1966年以來的小學畢業(yè)生入學。編成三個年級，1970年再招一個年級，共四個年級。學制改成初中高中各兩年。
復課之初，教學以政治為中心，沒有教材，文科主要是讀報紙語錄。1970年始有省編試用教材。學校工作以"五?七指示"為綱。學工學農(nóng)的時間長達三分之一。1971年學校工作要點提出要"堅持以學為主的原則，保證上文化課的時間"，并未很好落實。
1972年，周總理提出批極"左"。教育戰(zhàn)線召開了關(guān)于如何提高文化課教學質(zhì)量的會議。田忠杰同志帶人赴武漢參觀?；貋斫榻B了兄弟學校抓教學的經(jīng)驗。教師都很興奮，有的提出要狠抓"三基本"。可時隔不久，"四人幫"誣蔑抓質(zhì)量是復辟回潮，大張撻伐。接著又是"白卷英雄"、"小學生日記"、"馬振扶事件"，教師們欲干不能，欲罷不忍，無可奈何。1975年，鄧小平同志提出要為革命學文化，黃岡中學又興旺過一陣，很快又被"反擊左傾翻案風"摧殘了。
這時期教學工作中費力最多的是開門辦學活動。整天考慮怎樣走出去，走到哪里去，至于有無必要，是不容考慮的。學生曾四次步行去賈廟，多次到江陵大隊、鄂城旭光公社等地開門辦學。至于到附近工廠農(nóng)村勞動更不計其數(shù)。以至有的社隊將學生當勞力，一遇農(nóng)忙即向?qū)W校要人。因此，學校教學長期陷入混亂狀態(tài)，貽誤了一代青年。
"文革"期間貫徹"五七指示"，學工學農(nóng)需要基地，客觀上推動了學校工廠、農(nóng)場的建設(shè)。黃岡中學校辦工廠的發(fā)展走過曲折的道路。1961年硫酸廠下馬后，為配合教學，理化組還辦過小型"桌面工廠"，化學組還在"桌面工廠"生產(chǎn)過化肥。1971年為學工需要，先后辦過"920"廠、"化織廠"(俗稱"獵毛拉絲廠")、"電機修理廠"、"機械修理廠"等，都因技術(shù)、原料、貨源、效益種種問題而停辦。1973年創(chuàng)辦精密鑄造廠，張庭良任廠長，帶領(lǐng)全體辦廠教職工艱苦奮斗，克服困難，因陋就簡，白手起家，使工廠逐步發(fā)展壯大，收入由初期的7000多元增加1978年的64000余元。
校辦農(nóng)場的創(chuàng)辦也經(jīng)過很多曲折。1960年在江家灣開荒20余畝，后被生產(chǎn)隊收走。1961年在新河邊開荒，不能保收，后亦放棄。1963年圍墾南湖，因距離遠，有血吸蟲而放棄。1965年，與黃州幾個學校聯(lián)合圍墾窩湖，建成校辦農(nóng)場。原來只能種一季小麥，旱澇都不能保收。1970年經(jīng)過艱苦的增修圍堤的勞動，始種水稻。1971年總收水稻87000斤。后來經(jīng)過挑塘墊基，陸續(xù)建起410平方米住宅和教室，可容兩個班學生在農(nóng)場住宿，半天勞動，半天上課。